home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ User's Choice Windows CD / User's Choice Windows CD (CMS Software)(1993).iso / utility2 / refs60.zip / TEST.REF < prev   
Text File  |  1993-05-15  |  11KB  |  248 lines

  1. %A Bailly E
  2. %A McCaffrey M
  3. %A Touchot N
  4. %A Zahraoui A
  5. %A Goud B
  6. %A Bornens M
  7. %D 1991
  8. %T Phosphorylation of two small GTP-binding proteins of the Rab family by p34cdc
  9. %J Nature
  10. %V 350
  11. %P 715-718
  12. %K rab
  13. %X {possible link with RCC1 story?}
  14. S. c.:  Sec4p and Ypt1p are small ras-related proteins involved in intracellular transport.
  15. Rats/humans: Rab family.  This is stopped during mitosis.  Rab1Ap and Rab4p are (P) during M, and their membrane localisation changes
  16.  
  17. %A Bianchi V
  18. %A Pontis E
  19. %A Reichard P
  20. %D 1992
  21. %T Dynamics of dATP pool in cultured mammalian cells
  22. %J Exp. Cell Res.
  23. %V 199
  24. %P 120-128
  25. %K dNTP, mouse
  26. %X S phase dATP half life = 4 mins.  3T3 cells.  Inhibition of DNA replication does not stop de novo synthesis, but increases deoxyadenosine excretion.  
  27. dA -> dAMP <-> dADP <-> dATP -> DNA  
  28. dA -> deoxyinosine -> hypoxanthine -> IMP -> -> ADP -> dADP etc  
  29. adenine -> AMP <-> ADP -> dADP etc
  30.  
  31. %A Bischoff ER
  32. %A Ponstingl H
  33. %D 1991
  34. %T Catalysis of guanine nucleotide exchange on ran by the mitotic regulator RCC1
  35. %J Nature
  36. %V 354
  37. %P 80
  38. %K RCC1, pim1, spi1, ras, ran
  39. %X RCC1 is a mitotic regulator from BHK with homology to pim1 in pombe.  
  40. HeLa RCC1 is complexed to a 25kDa protein related to ras, and is GTP/GDP binding, called ran.  The pombe homolog is spi1.  
  41. RCC1 acts on ran in the same way as nucleotide exchange factors act on ras, exchanging GTP for GDP, activating ras.  Ran.GTP is presumably activated (and GTP hydrolysed) by an as yet unidentified GAP analog.  
  42. RCC1 has not been shown to vary in activity over the cell cycle, although yeast has shown a link of misosis to S phase involving pim1.  Spi1 overexpression rescues pim1-, though not pim1del.  Probably due to compensatory levels of Spi1.GTP
  43.  
  44. %A Crabtree GW
  45. %A Henderson JF
  46. %D 1971
  47. %T Rate limiting steps in the interconversion of purine ribonucleotides in Ehrlich Ascites tumor cells in vitro
  48. %J Cancer Research
  49. %V 31
  50. %P 985-991
  51. %K NTP conversion
  52. %X Conversion of inosinate to guanylate is limited first by glutamine concentration and second by iosinate.
  53. Conversion of iosinate to adenylate is limited by isoinate.
  54. Adenylate -> guanylate limited by glutamine, and then probably adenylate deaminase.  Guanylate to adenylate limited by guanylate reductase.
  55.  
  56. %A Dasso M
  57. %D 1993
  58. %T RCC1 in the cell cycle: the regulator of chromosome condensation takes on new roles
  59. %J TIBS
  60. %V 18
  61. %P 96-101
  62. %K RCC1, tsBN2, pim1, spi1
  63. %X Review:  functions of RCC1
  64. RCC1 is the only gene found so far in the detection of unreplicated DNA that binds chromatin.  PCC in tsBN2 is a genuine attempt at mitosis: nuclear envelope breakdown, spindle formation, MPF activation all occur.
  65. tsBN2 at restr. temp. also inhibits transcription, though not as rapidly as replication.
  66. RCC1 is lost from DNA at mitosis.  Release also occurs following treatment with DNA intercalating agents.
  67. Human RCC1 complements ts but not null mutations of the S. cerevisiae gene PRP20/SRM1/MTR1.  This gene was found through several screenings:
  68. SRM1 - Mating pathway, PRP20 - mRNA splicing and 3' end formation, MTR1 - mRNA export from nucleus
  69. Yeast homolog is pim1.
  70. No cell cycle specific expression observed; control is probably by post-translational modification.
  71. All RCC1 homologs display interphase nuclear localisation, and all except SRM1 are displaced from DNA at mitosis.
  72. Structure:  N-terminal basic DNA binding region, followed by 7 tandem repeats each 50-60 aa.  Drosophila homolog has additional C-terminal region.
  73. DNA binding is not essential for activity (although activity is much lower).  Neither is it sufficient; mutants in activity are known which still bind DNA.
  74. Binds to highly abundant protein ran (25:1 excess).  GAP protein is still not known,
  75.  
  76. %A Dasso M
  77. %A Nishitani H et al
  78. %D 1992
  79. %T RCC1, a Regulator of Mitosis, Is Essential for DNA Replication
  80. %J MCB
  81. %V 12
  82. %P 3337-3345
  83. %K BHK, PCC, RCC1, replication
  84. %X ts BHK mutants go into S phase PCC
  85. Depletion in Xenopus egg extracts prevents replication of added sperm DNA.  No effect on replication of ssDNA => not part of replication apparatus, but possibly part of the initiation of replication.  
  86. see Seino et al (92) for further work on ts BHK mutants, and Dasso (93) for review.
  87.  
  88. %A Day RS
  89. %D 1993
  90. %T Deoxyguanosine reverses inhibition by hydroxyurea of repair of UV-irradiated adenovirus 5
  91. %J Mutation Res.
  92. %V 293
  93. %N 3
  94. %P 215-223
  95. %K dNTP pools, hydroxyurea
  96. %X dG 100% reversal, dA 70%, dT 55%, dC 3%. dNTPs given at 5E-4 M.
  97. HU treatment reduces dA and dG pools, but not dC and dT{hence effectiveness of dA and dG?}
  98. Single strand repair most affected {Is there detection of ssDNA affected by dNTPs?}
  99. Reductase activity is feedback controlled at two binding sites.  One is pure feedback negative control, the other controls substrate specificity, depending on binding of dTTP, dGTP.  dATP is inhibitory at this site also
  100.  
  101. %A Downes CS
  102. %A Johnson RT
  103. %A Yew FF
  104. %D 1983
  105. %T Effects of conditioned medium on nucleoside uptake, cell cycle progression and apparent DNA repair
  106. %J J. Cell Sci.
  107. %V 59
  108. %P 145-158
  109. %K dNTP, repair
  110. %X Photocopy in file.  Conditioned medium affects rate of uptake of nucleosides.
  111.  
  112. %A Haynes RH
  113. %D 1985
  114. %T Molecular mechanisms in genetic stability and change:  The role of deoxyribonucleotide pool balance
  115. %B Genetic Consequences of Nucleotide Pool Imbalance
  116. %I Plenum Press
  117. %C New York
  118. %P 1-23
  119. %K dNTP, mutation
  120. %X Introduction to the book.  Notes in file.  dNTP pool bias leads to reduced replication fidelity and chromatic aberrations.  Mutants in biosynthesis can be 'mutator' strains.
  121. Some mutagens may act through causing nucleotide pool imbalance
  122.  
  123. %A Hunting D
  124. %A Henderson JF
  125. %D 1982
  126. %T Methods for the determination of deoxyribonucleotide triphosphate concentrations.
  127. %J Methods in Cancer Research
  128. %V 20
  129. %P 245
  130. %K dNTPs, enzymatic assay
  131. %X See photocopy
  132.  
  133. %A Matsumoto T
  134. %A Beach D
  135. %D 1991
  136. %T Premature initiation of mitosis in yeast lacking RCC1 or an interacting GTPase
  137. %J Cell
  138. %V 66
  139. %P 347
  140. %K pombe, RCC1, pim1, spi1
  141. %X Pombe mutant pim1 has M uncoupled from replication completion.  cdc25 is not req'd for M in this mutant.  pim1 is a homolog of RCC1  
  142. pim1 is rescued by overexpression of spi1, a ras-like GTPase  
  143. in Xenopus, the onset of dependent cycling with checkpoints occurs at the mid-blastula transition.  Karyoplasmic ratio.  Evidence:  Aphidicolin (repl. inh.) only works in cell-free extracts when nuclei at high concentration.  
  144. pim1 req's both cdc2 and cdc13 to be observable, so must be upstream of MPF  
  145. At RT, cdc2 becomes transiently active in pim1- but not in +.  
  146. spi1 rescues pim1- but not spi1del
  147.  
  148. %A Murray AW
  149. %D 1992
  150. %T Creative blocks: cell cycle checkpoints and feedback controls
  151. %J Nature
  152. %V 359
  153. %P 599-604
  154. %K checkpoints
  155. %X Early Xenopus embryos have no feedback; they rely on cell-cycle engine being slower than downstream events.  Hartwell & Weinert argued that cells that fail are discarded, as observed in Drosophila, when such nuclei fall from the surface layer.  
  156. Most mammalian cells blocked in S phase stop growing and remain at G2 size, due to protein synthesis stopping also.  When block is lifted they will resume where they left off.  Rodent cells, on the other hand, continue to grow, and when the block is removed may or may not attempt mitosis and all die.  This may be due to apoptosis.  Protein synthesis inhibitors prevent such deaths.  
  157. {Theory:  No cyclin buildup --> no rush into mitosis when block released}  
  158. Theory: RCC1 inactivation --> ran.GDP --> disappearance of replication forks.
  159.  
  160. %A Nicander B
  161. %A Reichard P
  162. %D 1981
  163. %T Aphidicolin sensitivity of variant 3T6 cells selected for changes in ribonucleotide triphosphate reductase
  164. %J Biochem. Biophys. Res. Comm.
  165. %V 103
  166. %P 148-155
  167. %K dNTPs, aphidicolin
  168. %X 2 mutants of 3T6 have resistance to aphidicolin, an inhibitor of DNA polymerase alpha:  
  169. 3T6-HU-11 overproduces the active M2 subunit -> increaseed dATP and 2x normal resistance  
  170. 3T6-CA/dA is mutated in the regulatory M1 subunit, and overproduces dATP and dCTP and has 7x normal resistance  
  171. Aphidicolin causes decrease in dCTP pool but not others.  Aphidicolin may be competing with dNTPs for the polymerase.  dCTP may have a regulatory function.  
  172. {did anyone try adding dCTP, if possible?}
  173.  
  174. %A Nishimoto T
  175. %A Uzawa S
  176. %A Schlegel R
  177. %D 1992
  178. %T Mitotic checkpoints
  179. %J Curr Op in Cell Bio
  180. %V 4
  181. %P 174-179
  182. %K review
  183. %X Review of:
  184. RCC1/ran/pim1/spi1/srm1/prp20
  185. RAD9 (Brown et al 1992)
  186. p34cdc2 (P) and cyclin binding; T161 (P) req'd
  187. cdc25/p65 phosphatases
  188.  
  189. %A Reichard P
  190. %D 1985
  191. %T Ribonucleotide reductase and deoxyribonucleotide pools
  192. %B Genetic Consequences of Nucleotide Pool Imbalance
  193. %I Plenum Press
  194. %C New York
  195. %P 33-45
  196. %X Notes in file.  dNTP and ATP control of substrate specificity of ribonucleotide reductase.  dATP is an overall off switch at high levels.
  197. dCTP/dATP ratio high in cycling cells.  Low in S phase arrest.
  198. HU resistant mutants (15x wt reductase activity) have high dATP, limiting overproduction of others.
  199. dNTP turnover is rapid - 10 pmol/min/million cells
  200. Blocking de novo synthesis with amethopterin and HAT showed that two pools extant; synthesis preferentially from NTP sources via reductase, not from dN.
  201.  
  202. %A Roberge M
  203. %D 1992
  204. %T Checkpoint controls that couple mitosis to completion of DNA replication
  205. %J Trends in Cell Bio.
  206. %V 2
  207. %P 277
  208. %K RCC1, cdc2
  209. %X Good review tying RCC1, recognition of un-replicated DNA and p34cdc2 activation.
  210.  
  211. %A Seino H
  212. %A Hisamoto N
  213. %A Uzawa S
  214. %A Sekiguchi T
  215. %A Nishimoto T
  216. %D 1992
  217. %T DNA binding domain of RCC1 protein is not essential for coupling mitosis with DNA replication
  218. %J J Cell Sci
  219. %V 102
  220. %P 393-400
  221. %K RCC1, tsBN2 mutant
  222. %X If the N terminal DNA binding domain was removed it was still just as effective at rescuing the BHK21 derivative tsBN2 as wt RCC1.  However the localisation of the truncated protein was not as confined to the nucleus.  Sucrose gradients showed delN-RCC1 to be bound to nucleosomal proteins.  N terminal has a nuclear localisation sequence, perhaps?
  223.  
  224. %A Squires S
  225. %A Oates DJ
  226. %A Bouffler SD
  227. %A Johnson RT
  228. %D 1992
  229. %T Cockayne's Syndrome Fibroblasts are Characterized by Hypersensitivity to Deoxyguanosine and Abnormal DNA Precursor Pool Metabolism in Response to Deoxyguanosine or Ultraviolet Light
  230. %J Somatic Cell & Mol. Gen.
  231. %V 18
  232. %P 387-401
  233. %K HPLC, dNTPs
  234. %X Shosh's work on nucleotide pools, measured by HPLC.  Photocopy in file.
  235.  
  236. %A Walker DH
  237. %A Maller JL
  238. %D 1991
  239. %T Role for cyclin A in the dependence of mitosis on completion of DNA replication.
  240. %J Nature
  241. %V 354
  242. %P 314-317
  243. %K cyclin A
  244. %X Degradation of both A & B req'd for mitosis exit, but A destruction is earlier.  
  245. Ablation of cyclin A led to premature mitosis in Xenopus extracts, removing aphidicolin block.  Cyclin A competing with cyclin B?  
  246. {How does this relate to RCC1/cdc25?}
  247.  
  248.